Dirección Regional.
Es el órgano de alta dirección, máxima autoridad ejecutiva y administrativa de la Dirección Regional de Transportes y Comunicaciones - DRTC, responsable de las funciones en materia de transportes y telecomunicaciones, depende jerárquicamente de la Gerencia Regional de Infraestructura del Gobierno Regional Amazonas.
Oficina de Asesoría Legal (OA).
Es el órgano de administración interna encargado de asesorar y emitir opinión sobre los asuntos de carácter jurídico de competencia de la alta dirección de la DRTC. Está a cargo de un director, quien depende jerárquica y administrativamente y del Director Regional de Transportes y Comunicaciones Amazonas.
Oficina de Planificación, Presupuesto y Desarrollo Institucional (OPPDI).
Es un órgano de apoyo que conduce los procesos de normar, programar, coordinar, dirigir y Supervisar las actividades relacionadas con los campos funcionales de planificación, presupuesto, racionalización, informática y estadística. Está a cargo de un director, quien depende jerárquicamente del Director Regional de Transportes y Comunicaciones Amazonas.
Oficina de Administración (OA).
Es el órgano de apoyo encargado de administrar los recursos humanos, materiales, económicos, financieros y patrimoniales de la dirección regional, y de conducir la ejecución presupuestaria a su cargo. Así mismo está encargada de administrar, custodiar y conservar la documentación interna y externa de la institución. Está a cargo de un director, quien depende jerárquica y administrativamente y del Director Regional de Transportes y Comunicaciones Amazonas.
Dirección de Caminos e Infraestructura Aeroportuaria (DCIA)
Órgano de línea, encargado de planificar, administrar y ejecutar el desarrollo y mantenimiento de la infraestructura vial no comprendida en la Red Vial Nacional o Rural, dentro de los planes de desarrollo vial, así como de la infraestructura portuaria y aeroportuaria. Está a cargo de un director, quien depende jerárquicamente y administrativamente del Director Regional de Transportes y Comunicaciones Amazonas.
Dirección de Circulación Terrestre y Transporte Acuático (DCTTA).
Órgano de línea, encargado de regular, supervisar y controlar el proceso de otorgamiento de licencias correspondiente según sea el caso de acuerdo a la normatividad en vigencia, así como autorizar, supervisar, fiscalizar y controlar la prestación de servicios de transporte interprovincial de ámbito departamental por carretera. Está a cargo de un director quien depende jerárquica y administrativamente del Director Regional de Transportes y Comunicaciones Amazonas.
Dirección de Comunicaciones (DCOM).
Órgano de línea encargado de ejecutar las actividades de comunicaciones dentro del ámbito regional. Así como promover el desarrollo del mercado de las telecomunicaciones en la región Amazonas. Está cargo de un director, quien depende jerárquicamente del Director Regional de Transportes y Comunicaciones Amazonas.
Dirección Sub Regional de Transportes y Comunicaciones - Bagua - Utcubamba - Condorcanqui (DSRTC-BUC).
Es el órgano desconcentrado de la Dirección Regional de Transportes y Comunicaciones Amazonas, la DSRTC-BUC, es el órgano ejecutivo encargado de dirigir las actividades propias de su competencia, en armonía con la política y los planes de desarrollo regional y nacional, también es el órgano de mayor jerarquía administrativa y como tal es responsable de su dirección y administración general, así mismo ejerce la representación legal de su competencia y mantiene dependencia jerárquica con el Director Regional de Transportes y Comunicaciones Amazonas y el despacho directoral está a cargo de un funcionario que cuenta con categoría de Director Sub Regional, quien es designado por el Gobernador Regional de Amazonas.